Imaginé à l’orée des années 2000, sous le nom d’AquaEcopôle, par deux biologistes français et un muséologue suisse, le projet rebaptisé plus tard AQUATIS et garanti par une Fondation reconnue d’utilité publique, se veut à la fois "scientifique, technologique, culturel et durable". Son acronyme annonce d’ailleurs tout un programme :
– AQUA comme eau : l’eau douce sert de fil conducteur aux visiteurs qui auront tout au long du parcours l’occasion de prendre davantage conscience de l’importance de la préservation des milieux aquatiques et de leur diversité.
– T comme Terre : les deux tiers des collections vivantes du Vivarium de Lausanne, qui a mis fin à ses activités après une quarantaine d’années d’existence. ont été intégrés dans le complexe du nouveau musée.
– I comme Innovation : dans son projet pédagogique, AQUATIS mise sur une scénographie des écosystèmes aquatiques qui fait appel aux techniques de vulgarisation interactive les plus modernes.
– S comme Science : AQUATIS, qui a conclu des partenariats avec plusieurs instituts de recherche, s’inscrit également dans un réseau de compétences dédiées aux sciences de la vie et de l’environnement.
La découverte des écosystèmes aquatiques se fait via deux grands espaces consacrés, pour le premier, au bassin du Rhône, du massif alpin jusqu’à son embouchure méditerranéenne, et le second aux autres continents, des grands lacs africains à la forêt amazonienne en passant par les mangroves asiatiques et la barrière de corail océanienne.
Côté budget, l’ensemble du projet - qui appartient au groupe hôtelier Boas et qui comprend également un hôtel et un parking - aura coûté une centaine de millions de francs suisses, dont les deux tiers environ pour l’aquarium. AQUATIS espère accueillir quelque 450’000 visiteurs au cours de sa première année d’existence.